本校創校於民國卅年八月，稱為台南市安南區海東國民學校南興分校，校園四周綠野平濤，景色怡人；至民國四十二年八月獨立稱為台南市安南區南興國民學校，首任校長黃紹裘，努力策進校務，慘澹經營，奠立規模，對學校之茁壯厥功甚偉。四十三年成立安佃分班，四十八年安佃學區人數漸增，安佃遂獨立設校。
五十六年秋成立學東分班，六十二年間升格為學東分校，首任分校主任由葉瑞森先生擔任；分校校地遼闊，樹木扶疏，土地約為本校二倍餘，發展潛力雄厚。在地方人士及各界賢達的爭取下，學東分校於九十一年八月正式獨立設校，更名為學東國小。
本校歷史悠久，學生活潑好動，教師年輕有才華，校風純樸，建校迄今由於歷任校長蓽路藍縷，苦心經營，訓導合一，人性化的領導，使得優良校風得以傳承，學生素質得以提高。近年來，因應世界教改潮流，學校更以建立「安全」「快樂」「健康」之溫馨校園，務期達到發展學生潛能，將每位學生帶上來之教育最高目標而努力。
第一任校長黃紹裘 第二任校長吳東龍 第三任校長葉志雄
第四任校長何明輝 第五任校長高華欣 第六任校長李太郎
第七任校長蘇柏文 第八任校長林新獻 第九任校長蘇松郎
第十任校長曹源淙 第十一任校長李光彥 第十二任校長楊振禮
第十三任校長吳瑞中 第十四任校長魏銀河 第十五任校長潘秀妲
第十六任校長黃寳東
